甲钴胺(mecobalamin)总体安全性良好，不良反应发生率低。常见副作用包括轻度胃肠道不适、皮疹等，通常不影响继续用药。需特别注意：长期大剂量使用可能引起低钾血症，建议定期监测血钾水平；痛风患者用药可能诱发痛风发作；与某些抗生素合用时可能影响药效。孕妇及哺乳期妇女应在医生指导下使用，目前尚未发现明确的致畸风险。
甲钴胺与某些药物存在相互作用：与考来烯胺合用会降低吸收率，应间隔2小时服用；长期与抑酸剂联用可能影响药效；与叶酸合用治疗贫血时要注意比例搭配。绝对禁忌症包括对钴胺素过敏者，相对禁忌包括痛风急性期、低钾血症等。用药期间应避免饮酒，以免影响维生素B12的吸收和转化。
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